Sanidad

Destinados fondos europeos para crear soluciones bioinformáticas de vanguardia

• Las compañías tecnológicas andaluzas Integromics, especializada en biotecnología y bioinformática, e Intecna, la filial de la multinacional española Oesía centrada en aplicaciones informáticas de código abierto, han logrado financiación del Fondo Tecnológico Europeo asignado a España para su proyecto de I+D+i ‘Andaomics’.

 



Elizabeth Gillanders, supervisando una secuencia de ADN.

El Centro para el Desarrollo Tecnológico e Industrial (CDTI), dependiente del Ministerio de Industria y que cogestiona dicho Fondo, ha concedido a ambas compañías un préstamo de un millón de euros para respaldar la inversión total del proyecto, que asciende a 1,4 millones. Andaomics es una iniciativa conjunta de I+D+i que se desarrollará durante dos años (desde junio de 2009 hasta junio de 2011) y está liderada por Integromics.

El objetivo principal de Andaomics es la creación de una plataforma tecnológica que permita extraer el máximo partido a las nuevas técnicas de análisis del genoma (Next Generation Sequencing, NGS) y de las proteínas (proteómica). A escala nacional, en estos campos no hay ninguna empresa que se dedique al desarrollo de soluciones tecnológicas de gestión y análisis de los datos generados por estas técnicas. Son, por tanto, empresas extranjeras las que se encargan de cubrir la demanda española de este tipo de plataformas tecnológicas.

En el caso del genoma, las técnicas NGS permiten, en relación a las técnicas más extendidas hasta ahora, obtener más rápido y a menor coste grandes cantidades de información sobre el genoma humano, de bacterias o de virus, para mejorar y personalizar el conocimiento sobre la salud y las enfermedades del ser humano. Estas técnicas comenzaron a extenderse en el sector biotecnológico muy recientemente, a partir del año 2007.

En el caso de las proteínas, las posibilidades de la proteómica sobre las mismas hoy día abren horizontes desconocidos, tanto en investigación básica como en la investigación clínica. En este último sentido, se puede destacar el descubrimiento de nuevos marcadores tempranos de alteraciones patológicas a partir, por ejemplo, de fluidos corporales. Al igual que con las NGS, hay carencias claras de soluciones tecnológicas de gestión y análisis de estos datos proteómicos, y también hay una gran carencia de personal científico y técnico formado en este área.

Actualmente, los fabricantes de instrumentos NGS están compitiendo a nivel global para permitir a los investigadores secuenciar el genoma humano por menos de 1.000 dólares. Una vez que esto se consiga, los laboratorios secuenciarán genomas de forma masiva y dado que la cantidad de datos generados durante un experimento de NGS puede ascender a varios gigabytes, es impensable para un laboratorio no contar con un sistema que le permita la gestión y análisis de dichos datos. Todo ello favorece la comercialización de la plataforma tecnológica que se desarrolla bajo el proyecto Andaomics.

En concreto, es necesaria una infraestructura computacional suficientemente robusta y poderosa como para procesar los millones de secuencias leídas por estos instrumentos. Hasta ahora, los fabricantes de instrumentos NGS sólo proporcionan un conjunto limitado de aplicaciones como software básico para analizar los datos obtenidos por el secuenciador.




Basada en Alfresco

Integromics e Intecna, mediante el desarrollo de una nueva plataforma tecnológica para NGS y Proteómica en el marco de este proyecto, esperan llenar una carencia importante en el mercado español y contribuir, además, al desarrollo tecnológico de Andalucía. Las grandes empresas desarrolladoras de fármacos, las firmas biotecnológicas, los laboratorios, los centros de investigación y los hospitales están entre los potenciales clientes de la plataforma tecnológica que surgirá de Andaomics. Indirectamente, contar con una herramienta potente de análisis a un coste competitivo ayudará a generalizar el uso de las técnicas de NGS más allá de los grandes centros de secuenciación, para llegar a ser utilizadas por pequeñas comunidades académicas o investigadores particulares.

Las grandes empresas desarrolladoras de fármacos,     las firmas biotecnológicas, los laboratorios, los centros de investigación y los hospitales están entre los potenciales clientes de la plataforma tecnológica que surgirá de Andaomics

La creación de esa plataforma tecnológica de análisis de datos, que se denominará OmicsHub, se repartirá entre ambos socios. Integromics aportará su experiencia previa en soluciones bioinformáticas y módulos específicos de interpretación de datos y validación de los resultados obtenidos. Para este último punto, contará con la colaboración del Instituto Nacional de Proteómica. Intecna, por su parte, desarrollará una versión específica para este proyecto del gestor documental en código abierto Alfresco (la empresa es partner exclusivo para la distribución de este software en España y Latinoamérica). Con Andaomics, Intecna desarrollará su primer proyecto dentro del sector Farma, que en último término es el principal cliente potencial de la plataforma tecnológica que se creará.

Integromics se encargará de integrar la versión específica de Alfresco en esta plataforma y comercializarla como una solución global, tanto para NGS como para Proteómica. Los principales mercados en ambos casos son EE.UU., Europa, Canadá y Asia (fundamentalmente Japón). Este proyecto que nace de la iniciativa privada se une y complementa el esfuerzo público que la comunidad científica y biomédica andaluza está empezando a realizar en el campo de NGS mediante el ‘Proyecto Genoma Médico’, que prevé la instalación de 20 megasecuenciadores. Es por esto que la ejecución de un proyecto de diseño y desarrollo de soluciones de gestión y análisis de datos NGS dentro del ámbito de la comunidad I+D+i andaluza, es crucial y estratégico. Desde un punto de vista más general, el desarrollo de un producto de software para la gestión y análisis de experimentos NGS potenciará y facilitará la inserción de estas innovadoras tecnologías de secuenciación de nueva generación en Andalucía, además de permitir brindar servicios a los distintos actores nacionales o europeos.